Dzięki rozbudowanym możliwościom konfigurowania programu (w obu trybach pracy opisanych w sekcji jak to działa) przystosowanie go do pracy nawet z zerówkowiczami nie jest specjalnie trudne - można w tym celu wyłączyć korzystanie z wszystkich wariantów ćwiczeń wymagających odczytywania napisów. Warto jednak zastanowić się nad pozostawieniem wariantu z napisami w pierwszym ćwiczeniu analizatora wzrokowego. Występujące w nim wyrazy są krótkie, zaledwie kilkuliterowe, i można je dobierać w pary bez czytania, traktując je jak trochę bardziej skomplikowane wzorki. Można to potraktować jak wstęp do nauki czytania metodą całościową.
Czas trwania lekcji można ustawić na 5 do 30 minut, jednak z kilkuletniego doświadczenia pracujących z programem terapeutów wynika, że najlepsze wyniki uzyskuje się stosując ćwiczenia 15-minutowe.
W czasie zajęć terapeutycznych Dyslektyka można używać jako nagrody za sprawne wykonanie wcześniejszych ćwiczeń. Dzieci na ogół chętnie pracują z komputerem i zapowiedź takiej nagrody mobilizuje je do większego wysiłku.
Korzystając z wbudowanego w program edytora można zmodyfikować (dla każdego dziecka osobno) listy słów występujących w ćwiczeniach ortograficznych. Dzięki temu łatwo skorelować listę słów i problemów ortograficznych z omawianym w czasie terapii materiałem. Co bardzo ważne, Dyslektyk współpracuje ze Sposobem na dysleksję i zmodyfikowanie listy słów w jednym programie zostanie automatycznie uwzględnione w drugim.
